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(我用我自己錄音的經驗回答看看)
問題一：
雖然我沒有錄過這樣ｃｏｖｅｒ然後改版跟音檔重疊的方式，不過我還是用我的經驗提供你一些方法！你這樣的問題我看來挺簡單，就是用軟體把中低頻修一修，把bass弄掉就行了，然後再用自己的bass蓋過就可以了，用錄音軟體全都可以搞定！附帶一提，軟體個人推薦Nuendo 4，然後千萬不要找甚麼中文版的，英文沒有很難，多花點時間上網翻譯搜集資料就會操作了。
問題二：
錄bass，就是【bass→音箱→錄音介面→電腦】，錄音軟體當然要使用可以多軌錄製音的，基本上錄音有經過錄音介面的話，品質不會差到哪裡去，差可能就會差在後製混音的部分有沒有混好、錄音前ｔｏｎｅ有沒有調好或是硬體設備的等級等等很多啦哩啦紮的問題，不過我覺得重要的還是後製混音的部分，若要說起混音，說到陳水扁出獄也說不完。

【以上純屬經驗談，沒有很專業的知識背景替我撐腰】

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最好的確是找到原曲ｄｅｍｏ刪掉ｂａｓｓ的部分，但是很難找！！
直接減掉中低頻的確又會把其他樂器的中低頻修掉！！
所以二選一！！！自己挑囉！！！
還有～你想說的是從錄音介面刪掉中低頻還是從錄音軟體中刪掉中低頻？
錄音介面＆錄音軟體是兩碼子事！！！